O Colégio Maria Ester tem como filosofia a formação do homem como um todo, dentro dos princípios cristãos, para que veja no próximo um irmão e nunca venha a se tornar um oprimido ou opressor. É uma visão de educação baseada na Teoria Libertadora de Paulo Freire, em que o aluno questiona a realidade e se posiciona como sujeito desta realidade.

A educação libertadora não é apenas uma educação romanticamente liberal ou tendente à liberdade. É aquela educação que concretamente questiona a realidade das relações dos indivíduos com os outros e o mundo que os envolve.